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A continuación, cada electrón se desplaza de la feofitina hasta una molécula de quinona – QA– (aceptor secundario), y pasa el electrón a otra quinona (QB) que lo cede a una plastoquinona (PQ), todos ellos embebidos en la intimidad de la membrana laminar. La PQ se oxida cediendo el electrón al citocromo F y este a una molécula de plastocianina (complejos de cobre) la que reduce al fotosistema I (P – 700) que ha perdido un electrón al absorber un fotón (luz). A medida que los electrones recorren la cadena de transporte se establece un gradiente de protones (ión hidrógeno), de modo que la energía potencial del gradiente se utiliza para formar ATP a partrir de ADP + Pi, proceso denominado fotofosforilación.
Finalmente, el flujo de electrones procedente del fotosistema I, cuyo electrón es cedido mediante un aceptor primario de naturaleza incierta denominado "componente x", suministra los equivalentes de reducción necesarios para la síntesis del potencial reductor generado en la fotosíntesis; esto es , NADP+ deviene, por asunción de electrones y un ión hidrogeno, a NADPH. Por lo tanto, en presencia de luz existe un flujo de electrones continuos desde el agua al fotosistema II, al fotosistema I hasta el NADP+. La cosecha energética de estos pasos está representada por una molécula de ATP y NADPH, que intervienen en las principales fuentes de energía para la reducción del carbono. La mayoría de los herbicidas que actúan sobre la zona de transporte de electrones actúan sobre el transporte de las tres quinonas QA – QB – PQ. Reacciones Fijadoras de Carbono: Cómo asimilan el carbono Ahora la energía y capacidad reductora que se generan en la etapa anteriormente descripta, serán utilizadas para la conversión del CO2 en glúcidos. El CO2 pasa al interior de organismos autótrofos acuáticos por difusión directamente desde el agua, mientras que las plantas terrestres deben protegerse de la desecación y en ese sentido han desarrollado estructuras ubicadas en la superficie, llamadas estomas, que permiten el intercambio gaseoso. En el estroma de los cloroplastos se encuentran presentes las enzimas que intervienen en una serie de reacciones enzimáticas, el Ciclo de Calvin (ya que Calvin y Benson en 1940 utilizaron C14, carbono radiactivo, para realizar estudios sobre el alga verde Chlorella descubriendo el ciclo), en el que es fijado el CO2. Ciclo de Calvin
El CO2 se combina con un azúcar de cinco carbonos, la ribulosa 1,5 bifosfato (RUBP), mediante la acción de la enzima ribulosa bifosfato carboxilasa oxigenasa o rubisco. La rubisco constituye aproximadamente el 50% de las proteínas del cloroplasto y se piensa que es la proteína más abundante en la tierra. El primer producto estable de la fijación de CO2 es el ácido – 3 – fosfoglicérico (PGA), un compuesto de 3 carbonos. En el ciclo se fijan 6 moles de CO2 a 6 moles de ribulosa 1,5 bifosfato, y se forman 12 moles de PGA. La energía del ATP, producido en la luz es utilizada para fosforilar el PGA y se forman 12 moles de ácido 1,3 difosfoglicérico, el cual es reducido luego mediante la acción de 12 NADPH a gliceraldehido – 3 – fosfato( PGAL). Dos moles de gliceraldehido – 3 – fosfato son removidas del ciclo para fabricar glucosa. El resto de los moles de PGAL se convierten en 6 moles de ribulosa – 5 – fosfato, que al reaccionar con 6 ATP, regenera 6 moles de ribulosa 1,5 bifosfato, que da comienzo al ciclo de nuevo. El carbono asimilado por la fotosíntesis se distribuye entre el interior y el exterior del cloroplasto debido a la existencia de un transportador específico, situado en la membrana interna de la organela, mediante el cual se intercambia fósforo inorgánico (Pi) por triosas – P, como el gliceraldehido – 3 – fosfato (que producido en los cloroplastos sirve de intermediario en la glucólisis), pueden iniciar la síntesis del almidón y o de la sacarosa, los productos finales en la fotosíntesis de las plantas superiores.
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